Để tránh thuốc, vật tư, sinh phẩm xét nghiệm đã mua phục vụ cho công tác phòng, chống dịch Covid-19 còn tồn kho tại các cơ sở y tế hết hạn phải hủy gây lãng phí, ngày 21/3, Bộ Y tế đã có công văn số 1389 đề nghị Bộ Tài chính và Bảo hiểm xã hội Việt Nam thống nhất nguyên tắc cho phép các cơ sở khám, chữa bệnh xuất kho điều tiết thuốc đã mua từ nguồn ngân sách Nhà nước cho phòng, chống dịch Covid-19 sang nguồn thu dịch vụ khám, chữa bệnh với đơn giá bằng đơn giá mua vào của từng loại thuốc. Khi bệnh nhân sử dụng thuốc, bệnh viện sẽ thu tiền thuốc từ nguồn quỹ Bảo hiểm y tế chi trả hoặc bệnh nhân tự chi trả đề nộp trả lại ngân sách phòng chống dịch Covid-19 đúng quy định.

Ngày 14/4, Bảo hiểm xã hội Việt Nam đã có công văn số 938 đề nghị Bộ Y tế "yêu cầu các cơ sở khám, chữa bệnh báo cáo số tồn thuốc, giá thuốc mua sắm, xác định giá thuốc thanh toán Bảo hiểm y tế trong trường hợp giá thuốc mua sắm cao hơn giá thuốc tại thời điểm hiện nay; đồng thời Bộ Y tế sớm thống nhất với Bộ Tài chính, xin ý kiến của Chính phủ về việc điều chuyển thuốc được mua sắm từ nguồn ngân sách Nhà nước cho phòng, chống dịch Covid-19 sang nguồn thu dịch vụ khám, chữa bệnh làm cơ sở để thanh toán chi phí thuốc từ nguồn quỹ Bảo hiểm y tế đúng quy định".

Ngày 6/5, Bộ Tài chính có công văn số 3996 đề nghị "Bộ Y tế xin ý kiến của Bộ Tư pháp và Bộ Kế hoạch và đầu tư (đơn vị chủ trị trình Chính phủ trình Quốc hội ban hành luật Đấu thầu) và thẩm quyền quyết định điều tiết thuốc từ nguồn ngân sách Nhà nước cho phòng, chống dịch Covid-19 sang nguồn thu dịch vụ khám, chữa bệnh để sử dụng cho bệnh nhân viện phí và bệnh nhân Bảo hiểm y tế để tránh tồn kho và hết hạn phòng, chống dịch Covid-19 phải hủy lãng phí".