Cũng vì được trọng dụng, buộc phải làm quan ở hai triều đại đối kháng mà Bùi Dương Lịch mang tiếng “thay thầy, đổi chủ”.
Thế nhưng, ít ai biết rằng “Bao phen sông nước đổi thay/ Phong ba không vẩn lòng này kiên trinh” như lời ông tự bạch, cho hậu thế thấy được triết lý muôn thuở rằng, thời phải thế, thế phải thế, việc phải thế.
Tháng 7/1787, Bùi Dương Lịch tham gia thi Hội và đỗ Hội nguyên, rồi thi Đình đỗ Đình nguyên nhị giáp Tiến sĩ (Hoàng giáp).
Tuy nhiên, ông chưa kịp thăng quan và cũng chưa kịp cưới công chúa (vua Lê Chiêu Thống hứa gả) thì quân Tây Sơn do Vũ Văn Nhậm chỉ huy kéo ra Thăng Long giết chết Nguyễn Hữu Chỉnh. Sự kiện này khiến vua Lê Chiêu Thống hoảng hốt bỏ chạy, rồi cho người sang cầu viện nhà Thanh.
Mang ơn tri ngộ của vua Lê nhưng cuối cùng Bùi Dương Lịch không thể đi theo mà về quê ẩn giấu tông tích mong giữ trọn đạo vua tôi.
Tuy vậy, nhà Tây Sơn sau đó vẫn biết tung tích nên vua Quang Trung nhiều lần cho triệu Bùi Dương Lịch vào Phú Xuân tham gia triều chính, ông đều tìm cách từ chối.