Ngay sau khi mùa giải 2024/2025 khép lại, SLNA khẩn trương tái thiết lực lượng cho mùa giải mới. Đội bóng xứ Nghệ giữ chân thành công các trụ cột như Hồ Khắc Ngọc, Hoàng Văn Khánh và Michael Olaha. Đây được xem là bước đi quan trọng trong việc xây dựng bộ khung ổn định dưới thời HLV Phan Như Thuật.
Mới nhất, đội bóng xứ Nghệ quyết định thanh lý hợp đồng với bộ đôi ngoại binh là Benjamin Kuku và Sebastian Zaracho. Sebastian Zaracho gia nhập SLNA từ đầu mùa giải và có được 2 bàn thắng, nhưng không để lại nhiều dấu ấn. Benjamin Kuku dù chơi khởi sắc ở giai đoạn cuối mùa và ghi được 6 bàn tại V.League 2024/2025, nhưng vẫn chưa đáp ứng được kỳ vọng từ người hâm mộ. Chính vì thế, SLNA đã quyết định để cả hai rời đi.
Theo chiều ngược lại, SLNA đang tích cực đàm phán với một số cầu thủ từng có kinh nghiệm chinh chiến tại V.League. Trong đó nổi bật là hai ngoại binh Gustavo Santos, cầu thủ từng khoác áo Đông Á Thanh Hóa và Washington Brandao, cầu thủ vừa kết thúc hợp đồng với HAGL.
Dù chỉ trở lại khoác áo HAGL ở giai đoạn lượt về, nhưng Washington Brandao đã nhanh chóng chứng tỏ tầm quan trọng khi ra sân 16 trận, ghi tới 6 bàn thắng quyết định, giúp đội bóng phố Núi trụ hạng thành công. Tuy nhiên, gánh nặng tuổi tác và phong độ được cho là không còn ổn định là lý do chính khiến ban lãnh đạo quyết định không gia hạn hợp đồng với cầu thủ sinh năm 1990.
Mùa giải 2024/2025, SLNA cán đích V.League 2024/2025 ở vị trí thứ 12. Với đấu trường Cúp Quốc gia, đội bóng xứ Nghệ vượt qua nhiều đối thủ mạnh để bước vào trận chung kết và giành ngôi vị á quân.